Adipose tissue eQTL meta-analysis highlights the contribution of allelic heterogeneity to gene expression regulation and cardiometabolic traits
Laura J. Scott et al., Nat. Gen., 2025
Complete characterization of the genetic effects on gene expression is needed to elucidate tissue biology and the etiology of complex traits.
유전 변이에 의한 유전자 발현 변화에 대해 규명하기 위해서는 조직생리 및 형질의 기원에 대해 알아야 한다.
In the present study, we analyzed 2,344 subcutaneous adipose tissue samples and identified 34,774 conditionally distinct expression quantitative trait locus (eQTL) signals at 18,476 genes.
여러 개의 지방 조직을 분석했고 상태에 따라 구별되어지는 eQTL signal 을 발견했다.
Over half of eQTL genes exhibited at least two eQTL signals.
eQTL에 포함되는 유전자 중 절반은 두 개의 eQTL signal을 나타냈다.
Compared with primary eQTL signals, nonprimary eQTL signals had lower effect sizes, lower minor allele frequencies and less promoter enrichment;
Primary eQTL singal과 비교해서, nonprimary 경우에서는 더 낮은 effect size, minor allele frequencies, promoter enrichment가 나타났고;
they corresponded to genes with higher heritability and higher tolerance for loss of function.
이것은 nonprimary eQTL signal들이 더 높은 유전력과 기능 상실에 대한 내성을 가진다는 것을 의미한다.
Colocalization of eQTLs with genome-wide association study (GWAS) signals for 28 cardiometabolic traits identified 1,835 genes.
eQTL에 해당하는 SNP이 GWAS에서 밝혀진 SNP과 비슷한 위치에 있는지를 확인하는 colocalization study를 수행하였을 때, 여러 개의 cardiometabolic traits를 조절할 것으로 생각되는 유전 변이들을 발견했다.
Inclusion of nonprimary eQTL signals increased discovery of colocalized GWAS–eQTL signals by 46%.
nonprimary eQTL까지 포함했을 경우에는 colocalized된 GWAS-eQTL의 쌍이 46%가량 더 많아졌다.
(즉, nonprimary QTL이 어떠한 기능적 변화를 동반하는 SNP을 포함할 가능성이 높은 것이다.)
Furthermore, 21 genes with ≥2 colocalized GWAS–eQTL signals showed a mediating gene dosage effect on the GWAS trait.
2개 이상의 GWAS와 colocalized 되어있다고 보여지는 SNP에 의해 조절되는 유전자는 발현량 변화를 통해 형질 변화를 조절하는 mediating gene dosage effect를 보였다.
Thus, expanded eQTL identification reveals more mechanisms underlying complex traits and improves understanding of the complexity of gene expression regulation.
따라서, eQTL 분석의 확장은 복잡한 형질이 발생하는 메커니즘을 밝히고, 복잡한 유전 발현의 조절을 이해하는 데에 도움이 될 수 있다.
