안녕하세요, 꿈꾸는 약사입니다. 이번에는 "Bioinformagician" youtube에서 소개하고 있는 내용으로 scRNA seq data에 대해 seurat obj화 시킨 후 이를 분석하는 workflow에 대해 설명드리겠습니다. Load data # 중간에 str()을 통해 data format에 대한 이해를 바탕으로 함 # seurat obj 선언에 필요한 feature matrix value는 h5 file의 Gene expression column에 있음 # script to perform standard workflow steps to analyze single cell RNA-Seq data # data: 20k Mixture of NSCLC DTCs from 7 donors, 3' v3..

안녕하세요, 꿈꾸는 약사입니다. 이번에는 "Bioinformagician" youtube에서 소개하고 있는 내용으로 Raw data를 feature-barcode matrix로 읽고, 이를 Seurat object화 시키는 내용에 대해 설명드리겠습니다. Different input formats # 다양한 형태의 data들이 feature-barcode matrix 형태로 저장 # Row는 gene 종류이고 column은 cell barcode. 각각의 cell에서 gene expression level에 대한 정보를 제공. R Data Format .rds 10x hdf5 .hdf5 AnnData Object .h5ad Loom .loom text based Market Exchange Format(M..

안녕하세요, 꿈꾸는 약사입니다.Single cell anaylsis 결과를 얻기 위해 R studio를 활용하기 위한 전반적인 지식에 대해 공부해보겠습니다. 데이터 준비 및 패키지 준비# ggplot2 패키지에 속해있는 mpg data를 data.frame으로 불러옴mpg  데이터 내용 확인Raw data의 앞부분과 뒷부분head(mpg)tail(mpg)데이터 뷰어View(mpg)차원, 속성, 요약 통계량dim(mpg)str(mpg)summary(mpg) 변수명 수정# rename() 이용하여 새롭게 명명되는 변수명 = 기존 변수명으로 설정mpg  파생변수 생성# mpg의 cty 항과 hwy 항의 값들의 평균을 구하고,  20보다 크거나 같으면 pass 그 외 failmpg$mean = 20, "pass..

Guided Clustering Tutorial, Single cell data analysis by R studio 3편 [Seurat] Guided Clustering Tutorial, Single cell data analysis by R studio 2편 Guided Clustering Tutorial, Single cell data analysis by R studio 1편 [Seurat] Guided Clustering Tutorial, Single cell data analysis by R studio 안녕하세요, 꿈꾸는 약사입니다. 이번에는 R을 이용한 Si.. pharm-dreamer.tistory.com 안녕하세요, 꿈꾸는 약사입니다. Seurat tutorial 3편에 이어서 4편 진..